En exécutant CYPE, l’alerte suivante peut s’afficher :
Le logiciel est actuellement en cours d'exécution
Le message indique que le logiciel est déjà ouvert. Il faut rechercher le logo CYPE dans la barre des tâches en bas à droite de l'interface Windows, à côté de l'horloge et de la date puis, double-cliquer sur cette icône pour ouvrir le menu initial de CYPE.
Le menu reste actif si la fenêtre est réduite. Pour terminer complètement le logiciel, il est nécessaire de fermer la fenêtre au lieu de la réduire.
